В статті розглянуто теоретичні та методологічні засади економіко-математичного моделювання системи забезпечення фінансово-економічної безпеки в умовах невизначеності і багатомірності ринкового середовища. Відзначено доцільність розгляду фінансово-економічної безпеки як економічної категорії. Обґрунтовано необхідність застосування системно-кібернетичного підходу для опису цієї категорії і наведено характеристику теоретико-методологічного, прикладного, інструментального та евристичного рівнів використання економіко-математичного моделювання. Наведено природу багатомірності опису фінансовоекономічної безпеки, охарактеризовано джерела даних для формування інформаційного базису моделювання. Визначено, що внаслідок використання поряд зі статистичними даними результатів експертного оцінювання такий базис може містити дані, виміряні як в метричній, так і неметричних шкалах. Обґрунтовано урахування невизначеності як об’єктивної властивості прояву зовнішнього середовища, охарактеризовано джерела її виникнення. Встановлено, що методологічною основою економіко-математичного моделювання фінансовоекономічної безпеки виступають методологічні принципи, які, з одного боку, виконують регулятивну функцію наукового пізнання, а з іншого – евристичну. Наукову новизну становить узагальнення системи принципів фундаментального та прикладного рівнів дослідження, на яких ґрунтується використання моделювання та доповнення останніх принципами раціональної різноманітності та інструментальної квантифікації. Відзначено, що загальнонаукові принципи відображають необхідні умови результативності і досяжності цілей щодо опису системи забезпечення фінансово-економічної безпеки. Наведено сутність та гносеологічну спрямованість представленої сукупності принципів. Ґрунтуючись на наведених принципах, в статті описано теоретичний та емпіричний рівні моделювання. Встановлено, що на теоретичному рівні моделювання спрямоване на опис деякої абстрактної системи забезпечення фінансово-економічної безпеки. Емпіричний рівень відображає побудову математичних залежностей між основними характеристиками системи забезпечення фінансово-економічної безпеки. Відзначено, що аналітичний опис досліджуваної системи може містити велику кількість різноманітних залежностей, що описують і ті ж властивості досліджуваної системи. Для урахування багатомірності та невизначеності досліджуваної системи на методологічному рівні, в статті представлено доповнену сукупність принципів прикладного рівня дослідження, наведено їх сутність. Прикладний аспект статті полягає у тому, що представлене теоретико-методологічне підґрунтя моделювання системи забезпечення фінансово-економічної безпеки дозволяє надати йому риси науковості і зробити отримані висновки обґрунтованими. Предмет подальших досліджень становить проблематика формування модельного базису дослідження системи фінансово-економічної безпеки.